Với nhiệm vụ sản xuất, kinh doanh thuốc chữa bệnh, dược liệu... phục vụ công tác chăm sóc sức khoẻ nhân dân, từ năm 2003 Công ty Dược phẩm Yên Bái chuyển đổi từ doanh nghiệp Nhà nước thành Công ty cổ phần Dược phẩm Yên Bái (Ypharco Yên Bái) theo Quyết định số 322 của UBND tỉnh.