Dược Yên Bái sở hữu nhà máy sản xuất đạt tiêu chuẩn GMP-WHO, liên tục được đầu tư về cơ sở vật chất, máy móc và các trang thiết bị hiện đại nhất. Các dây chuyền sản xuất hiện bao gồm: 

• Dây chuyền viên nang cứng 
• Dây chuyền thuốc uống dạng lỏng 
• Dây chuyền thuốc bột, thuốc cốm
• Dây chuyền viên nén, viên nén bao phim, viên nén bao đường
• Dây chuyền viên hoàn cứng
• Dây chuyền thuốc dùng ngoài dạng lỏng

Các thiết bị hiện đại, năng suất cao phải kể đến như: 

• Sơ chế dược liệu: Hệ thống thiết bị sơ chế dược liệu, hệ thống nấu chiết và cô cao bán tự động....
• Giai đoạn pha chế: Máy nhào trộn bột khô SY- RM-500; Máy nhào trộn hai trục CHHM-6160; Máy xát hạt YK- 108...
• Giai đoạn định hình viên: Máy dập viên TCS – HRT 23BD-SS; Máy vào nang; các loại máy bao...
• Giai đoạn đóng gói: Máy chiết rót và đóng chai tự động; Máy ép vỉ; Máy đóng túi định lượng JS- 10A...
• Giai đoạn đóng gói cấp 2: Hệ thống dán và in date nhãn chai; Máy in phun, Máy gấp toa...

Ngoài ra, Công ty cũng không ngừng tìm hiểu về các loại máy móc thiết bị mới, hiện đại trên thị trường hiện nay phục vụ cho dây chuyền sản xuất đông dược để liên tục cải tiến, thay thế các máy móc thiết bị nhằm nâng cao hiệu quả trong quá trình sản xuất, tạo ra các sản phẩm đạt chất lượng tốt nhất.