Dựa trên tính kế thừa các bài thuốc cổ phương kết hợp dạng bào chế hiện đại, Công ty cổ phần Dược phẩm Yên Bái đã phát triển được 19 sản phẩm từ các bài thuốc cổ phương và cổ phương gia giảm nổi tiếng như: Cửu vị khương hoạt thang, kim ngân giải độc thang, kiện toàn vị, thanh vị tán, chỉ thực tiêu bĩ hoàn, điều bổ tỳ phế phương,hoàn hương liên gia giảm, chống toan, quy tỳ, thuốc an thần, thiên vương bổ tâm, chỉ khái tán, ma hạnh thạch cam thang, bách hợp cố kim thang, nhị trần thang, bổ trung ích khí thang gia vị, hoàn lục vị, huyết phủ trục ứ thang, bát trân thang gia giảm...
Các sản phẩm được bào chế theo lý luận Y học cổ truyền chịu ảnh hưởng sâu sắc bởi rất nhiều yếu tố như: Kỹ thuật bào chế và kiểm soát chất lượng, dây truyền công nghệ, bí quyết quy trình sản xuất, trình độ tay nghề của công nhân,...

Mọi khâu của quá trình sản xuất đều được chú trọng. Từ khâu nghiên cứu, mỗi sản phẩm, mỗi quy trình sản xuất đều được thiết kế, nghiên cứu tỉ mỉ, bài bản từng công đoạn, sau đó lựa chọn phương án phù hợp và được theo dõi, đánh giá, thẩm định kỹ lưỡng trước khi đăng ký và sản xuất để đưa ra thị trường. Trong quá trình sản xuất, tất cả các công đoạn, các yêu cầu kỹ thuật đều được kiểm soát nghiêm ngặt: Kiểm tra chất lượng nguyên liệu, chiết xuất, pha chế, đóng gói, bảo quản… để đảm bảo giữ được tối đa hàm lượng hoạt chất trong dược liệu, đảm bảo chất lượng và độ ổn định sản phẩm trong suốt quá trình lưu hành.

Dược Yên Bái sở hữu nhà máy sản xuất đạt tiêu chuẩn GMP-WHO, liên tục được đầu tư về cơ sở vật chất, máy móc và các trang thiết bị hiện đại nhất. Các dây chuyền sản xuất hiện bao gồm:
• Dây chuyền viên nang cứng
• Dây chuyền thuốc uống dạng lỏng
• Dây chuyền thuốc bột, thuốc cốm
• Dây chuyền viên nén, viên nén bao phim, viên nén bao đường
• Dây chuyền viên hoàn cứng
• Dây chuyền thuốc dùng ngoài dạng lỏng
Bên cạnh đó là các thiết bị hiện đại, năng suất cao như:
• Sơ chế dược liệu: Hệ thống thiết bị sơ chế dược liệu, hệ thống nấu chiết và cô cao bán tự động....
• Giai đoạn pha chế: Máy nhào trộn bột khô SY- RM-500; Máy nhào trộn hai trục CHHM-6160; Máy xát hạt YK- 108...
• Giai đoạn định hình viên: Máy dập viên TCS – HRT 23BD-SS; Máy vào nang; các loại máy bao...
• Giai đoạn đóng gói: Máy chiết rót và đóng chai tự động; Máy ép vỉ; Máy đóng túi định lượng JS- 10A...
• Giai đoạn đóng gói cấp 2: Hệ thống dán và in date nhãn chai; Máy in phun, Máy gấp toa...

Dược Yên Bái không ngừng nâng cấp máy móc, trang thiết bị hiện đại, đảm bảo dây chuyền sản xuất thuốc đông dược liên tục được cải tiến, nhằm nâng cao năng suất, đáp ứng các tiêu chuẩn chất lượng sản phẩm gắt gao nhất.