YPHARCO là doanh nghiệp cổ phần hoạt động theo Luật Doanh nghiệp. Trước đây, YPHARCO là Xí nghiệp Liên hợp Dược Hoàng Liên Sơn, thành lập vào năm 1983. Đến năm 1991, khi tỉnh Hoàng Liên Sơn được tách ra thành 2 tỉnh Yên Bái và Lào Cai, tỉnh Yên Bái đã thành lập Công ty Dược phẩm Yên Bái I, Công ty Dược phẩm Yên Bái II và Xí nghiệp Dược phẩm Yên Bái.
Năm 1996, tỉnh Yên Bái sáp nhập 3 đơn vị này thành Công ty Dược phẩm Yên Bái. Chức năng, nhiệm vụ của Công ty chủ yếu là sản xuất các mặt hàng thuốc chữa bệnh thuộc dạng bào chế viên nén, viên nang, viên bao, siro, cồn thuốc. Thời đó, các sản phẩm của Công ty chủ yếu phân phối cho các bệnh viện, trung tâm y tế, bán buôn cho các đại lý, nhà thuốc và bán lẻ trực tiếp tại các quầy thuốc của Công ty trên địa bàn.

Từ tháng 12/2002, Công ty đã cổ phần hóa với tên gọi Công ty cổ phần Dược phẩm Yên Bái. Sau khi cổ phần hóa, Công ty đã mạnh dạn đầu tư thêm nhiều máy móc, thiết bị sản xuất mới, nâng cấp nhà xưởng, tập trung vào nghiên cứu phát triển sản phẩm mới, đổi mới dây chuyền công nghệ, nâng cấp các cơ sở kinh doanh, dịch vụ
Hiện nay, YPHARCO tập trung phát triển các sản phẩm thuốc đông dược có nguồn gốc dược liệu trên cơ sở các sản phẩm sẵn có. Đồng thời, Công ty luôn tích cực nghiên cứu chế thử ra sản phẩm mới, mang lại hiệu quả cao trong việc điều trị bệnh.
Những sản phẩm truyền thống, mang thương hiệu của YPHARCO như Cảm xuyên hương, Hương liên hoàn… luôn được người tiêu dùng tin tưởng, sử dụng và được các cơ quan chuyên môn đánh giá cao. Bên cạnh các mặt hàng truyền thống, hàng năm, Công ty đã nghiên cứu, đưa ra thị trường từ 2 - 3 sản phẩm mới.
Đến nay, Công ty đã có gần 50 sản phẩm, lưu hành rộng rãi trên toàn quốc, trong đó, có nhiều sản phẩm xuất khẩu đi nhiều nước trên thế giới. Để hướng tới sự phát triển bền vững, chủ động nguồn dược liệu phục vụ sản xuất thuốc đáp ứng nhu cầu thị trường, YPHARCO đã liên kết với Hội Đông y tỉnh Yên Bái và các hộ nông dân tổ chức trồng cây dược liệu, xây dựng các vùng cây thuốc có sản lượng lớn, bảo đảm nguồn cung ứng nguyên liệu, góp phần tạo việc làm cho các hộ dân, chuyển dịch cơ cấu cây trồng trên địa bàn.
Ngoài ra, YPHARCO còn chủ động tìm đến các địa bàn phát triển nghề trồng dược liệu như Sa Pa, Y Tý (Lào Cai) để ký kết hợp đồng thu mua nguyên liệu trực tiếp với người dân.
Mặc dù phải đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức nhưng với một hướng đi đúng nên nhiều năm qua, Công ty luôn hoàn thành tốt nhiệm vụ sản xuất, kinh doanh và làm ăn có lãi đồng thời cũng chấp hành tốt nghĩa vụ với Nhà nước.